Есть приложение. Оно делает много нужных полезных вещей и до кучи логирует свои действия в файл. И оно запущено в контейнере. В обычное время pid, записываемый в файл, равен pid'у в ps, но однажды это равновесие было нарушено и воцарилась великая тьма
PID приложения в контейнере, внутри контейнера, может быть равен PID-у какого-нить приложения в хостовой системе, но это разные PID-ы. Они находятся в разных namespace, поэтому ничего страшного не происходит.