Или например монтирование дисков - если нажать в gnome-disks кнопку eject, закроются все окна nautilus, в которых открыт этот диск. Они умеют общаться на одном языке, есть протокол общения и некий стандарт
Если же вы введёте в консоли umount - "извините, устройство занято". Причём гноме-дискс не тупо прибивает весь использующий софт, а аккуратно просит его "перестать использовать диск"
За вас уже везде подумали и всё сделали, именно поэтому вам кажется что в линуксе софт "просто работает из репозиториев", а DE это просто "тема оформления и панельки" :)) Помните сказку про генералов, которые думали что куропатки растут на деревьях? Это немного похоже, но ничего плохого я тут не имею ввиду
Это "DE" включает в себя набор всяких механизмов для общения приложений между собой, отправку уведомлений, рисование окошек, хэндлинг дефолтных приложений, настроек, прав доступа ко всяким камерам-микрофонам и так далее.