Например узнать сколько времени запущена софтина можно так...
ps all|grep cmus|grep -v grep|awk '{print $12}'
Ну а дальше это надо уже скрипт писать. Потом убрать куда-нить .desktop файл твоей софтины и в зависимости от проведённого времени делать/удалять симлинк на него в ~/.local/share/applications. Как-то так.