Алексей Марченко
Лучше, конечно, командой. Но чисто теоретически, нет никакой разницы... Но это же надо полезть и найти, где это всё лежит, и удалить.
Пакетный менеджер ничего не знает про файлы в каталогах пользователей. При установке и удалении затрагиваются только системные каталоги.