Привет!
Насколько знаю, нельзя. Клонзилла вообще как бы не совсем про бэкапы. Можешь вот это попробовать, там может быть то, что тебе нужно:
https://www.urbackup.org/. Но вообще клонзилла основана на обычных открытых инструментах, так что ты можешь взять просто их, написать какие-то свои скрипты и запускать их по крону.