В чём разница между php устанавливать как модуль или ставить его как php-fpm
На самом деле всё просто модуль запускается внутри апача, а phpfpm это отдельный процесс. Если хочешь последний использовать то лучше взять nginx.
Если в плане поддержки. Раньше php fpm не умел перечитывать конфигурацию на лету.