Я думаю, что так происходит, потому что ставят то, к чему привыкли. Бытует мнение, что платная винда в продакшн это круто, а линуксы это самоделки без поддержки
Риски. Контролер домена на винде это протестированно на тысячи машин, а Линукс не известно как будет работать при нагрузки такой. Плюс управлять им проще, специалистов больше и так далее и тому подобное. Линукса тут тоже предостаточно. Но он используется для виртуализации, сетевой инфроструктуры, разнообразные проекты и так далее и тому подобное.