Имей в виду, что автор pam_usb не позиционирует свою разработку как нечто, чему можно доверить защиту государственной тайны и уж тем более семейного рецепта лукового супа. С флешки можно снять дамп, записать его на другую флешку и использовать ее для аутентификации.