Давно это было в 6.39.3, я лично этот баг отправлял в Mikrotik после того, как с Uldis-ом по нему выяснили, что это не баг QEMU и EVE-NG в целом.
И касалось это не всех виртуальных интерфейсов в CHR, но стандартный интерфейс e1000 из шаблона EVE-NG был подвержен этому багу, да.
Ticket#2017100422000222
Исправили его в 6.40:
*) ethernet - fixed occasional broken interface order after reset/first boot;