Не совсем понял идею про код вне фреймворка.
Думаю это дело подхода, каждое решение имеет место в своём случае, нет плохого или хорошего. Сам Laravel - это не маленький проект и факт использования там таких вещей говорит, что проблем это не вызывает, а даже наоборот помогает иначе от этого бы избавились.