между диском (хость с докером, хоть с чем) и бд есть кэш.
бд всегда знает, что диск — среда медленная, поэтому всё делает в памяти (где пофиг, в докере ты или нет), и периодически сливает всё на диск, считая это априори медленной операцией.
плюс, докер может файловую систему виртуализировать, но stat()
давно уже везде кэшируется, да и сами операции чтения/записи идут нативно.