я использую на vds панель Vesta, с ее помощью я упраляю бд, скорее всего тут надо смотреть
я бы посоветовал вам переустановить полностью систему на сервере и не ставить панель управления. берите чистую убунту 20.04 (или 18.04, на нее проще гуглить гайды) и по гайдам через консольку все самому сделать. ничего сложного там нет