хммм, я в администрировании не очень понимаю
Как правило для веб-серверов в системах Unix используется юзер и группа www-data.
В корне проекта в терминале "ls -lah". Если на папках и файлах юзер и группа не www-data:www-data. Вероятнее всего проблема в этом.
Можете попробовать тогда заюзать в корне проекта "chown -R www-data:www-data ./". Но это на свой страх и риск. Потому что есть вероятность что юзер и группа другие, или что папки, например, node_modules и vendor, должны иметь другие права.