На практике как более гуманно? Чекать поля в контроллере при отправке с формы или же отключить MW?
смотря какая задача, можно через валидацию разруливать и потом юзать $request->validated() а не голый $request->all() или если нужно чтоб везде такое поведение ушло - то лучше отрубить
ну или переопределить кастомно метод transform у мидлвари чтоб не заменяло, например, для определенных маршрутов