Ну так package-lock лучше не игнорить, т.к когда-нибудь у тебя что-то сломается из-за новых зависимостей. А не игнорит он эти файлы потому, что скорее всего ты уже их комитил. Тебе нужно убрать их из игнора, удалить, уведомить об этом гит, а только потом добавить в игнор