Stdlib должен быть универсален. в одних приложениях null всегда заменяют на пустой список, в других на какой-нибудь маркер «не найдено». Если у вас первый случай постоянно, то напишите свой extension. Для этого они и есть.
А какая разница что принято в приложении, если результат flatMap от этого не будет зависеть?
Ну и из смежной оперы (компилируется, не падает, работает согласно документации): listOf(2, 1).sortedBy { null }
Почему flatMap { null } считается более редким (и/или менее понятным) — неясно