У вас на самом деле, как правильно заметил
@Harmonizr две разницы. Первая в ключе -include-runtime, который подключает стдлиб, а авторая в том, что идет упаковка в jar. Вторая для вас косметическая. jar используется для дистрибуции библиотеки или приложения одним файлом. Вообще, лучше обсудить в
@kotlin_start