сделай какой-нибудь врапер типа /usr/bin/
megaservice.shВнутрях:
service megaservice start
/etc/sudoers.d/megaservice внутрях:
Defaults:httpd !requiretty
Cmnd_Alias MEGASERVICE = /usr/bin/
megaservice.shhttpd ALL= (ALL) NOPASSWD: MEGASERVICE
Defaults!MEGASERVICE!logfile, !syslog
А потом в php напиши system('sudo /usr/bin/
megaservice.sh')