что-то похоже, мой случай - 0.01%
1) не перенес класс - это как? я в build вижу скомпиленный класс, этот build есть в classpath... что еще проверить?
2) я использую дебаггер идеи и конфигурацию SpringBootRunner - указал, какой main class, какие у vm опции и аргументы командной строки
3) никаких обфускаторов в проекте нет
4) убивал вручную build папку, чистил проект gradlew clean, чистил кеш идеи, апргейдил идею - не помогает