все очень просто, дто на самом деле может применяться на любое архитектурном слое приложения, это не противоречит паттерну никак
Как по мне DTO больше к передаче инфы по сети относится. Внутри же основной логики работа идёт с доменной моделью. Хотелось бы ещё почитать именно какой-то источник, где 1) описаны эти архитектурные паттерны в общем, 2) описаны в контексте спринга.
Просто никто особо не мешает маппить в контроллере: сервис принимает/возвращает модель в рамках транзакционного метода, контроллер мапит модель. Присутствие managed jpa сущности в контроллере не обязательно при этом.