Как человке который пишет на ноде уже 7 лет, и писал и под виндой, и под убунту и под маком, могу авторитетно заявить что разница, с точни зрения разработки, только во вкусах. За все годы не столкнулся ни с одной системно зависимой проблемой (!в пределах ноды!)