В более продвинутых настройках используется какой-нибудь extract-text-plugin, который выплевывает его в виде файлов и сохраняет в информацию о собранных ресурсах пути к этим файлам
Далее эта информация должна подхватиться либо другим плагином, типа html-webpack-plugin, либо тулзами для серверного рендера, и сконвериться в link теги в самой разметке