Смотря с какой целью же и для чего. Запускать сборщик галпом, в приницпе, почему нет, если есть чем оправдать.
Оправдание - я думаю, что так больше гибкости. Можно галповые команды добавлять в кучу, не относящиеся к сборщику. И со сборщиками по API наверное проще/лучше работать, чем через конфиг-файлы.
Сомнение - так все же юзают кофиг-файлы отдельные для сборщиков, вот я и призадумался, а правильно ли я делаю