в объекте у меня 3 коллекции с Element, объект мне нужно сохранять в базу и когда то, когда будет нужно, получить эти данные из базы
Ну делаешь 3 таблицы, в которых в каждой записи есть ссылка на родительский элемент. Потом сохраняешь каждую отдельно. При чтении - вначале читаешь родительский объект, потом отдельные запросы на каждую коллекцию.