первое не закрывается

первое всегда висит

должны закрываться “сгенеренные” первым

у первого есть:
tree.addMouseListener(new MouseAdapter() {
           @Override
           public void mouseClicked(MouseEvent e) {

я бы попробовал добавить проверку count  - сколько деревьев открыто и чтобы ничего не происходило если их меньше 1

так у меня нет никакого обработчика закрытия. просто всё закрывается

но почему закрывается первое, ваще не панятна

дебаж)))

а с каким interrupt вываливается?

никаким:)

code 0?

+

и?)

что-то меня смущает))

Causes <i>doRun.run()</i> to be executed asynchronously on the
    * AWT event dispatching thread.  This will happen after all
    * pending AWT events have been processed.  This method should
    * be used when an application thread needs to update the GUI.
    * In the following example the <code>invokeLater</code> call queues
    * the <code>Runnable</code> object <code>doHelloWorld</code>
    * on the event dispatching thread and
    * then prints a message.

я несовсем представляю как это выглядит у тебя

два дерева?

treeSwing.run(reduceTree);
а это куда уходит

тут еще посмотри http://www.skipy.ru/technics/gui_sync.html