Если вы хотите добавить открытую часть ключа в доверенные сертификаты или куда либо, то вам просто достаточно групповой политики, в которую нужно импортировать сертификат (его публичную часть). А если вы хотите, чтобы у пользователя был его собственный персональный сертификат с закрытым ключом, который имеет право подписи и т.д. то это делается через Enrollment Policy. Если же нужно, чтобы сертификат был всегда одним и неизменным для каждого пользователя, то тут уже нужно смотреть в сторону свистков с токенами.