Как и у любого инструмента, у ЕА масса недостатков. Нет вообще никакого функционала для Enterprise Architect, типа встроенных карт автоматизации, Capability Map и основанных на ней Heat Map, as-is-to-be сравнения. Нестрогая метамодель, можно кучу мусора наплодить на диаграммах. Плохой impact analysis, все связи не равны друг другу, ownership, relationship, reference, composite diagram итд. Толстый клиент. Матрицы убогие. Затруднено создание связей без их рисования. Но в целом за такие деньги пойдет.