я не уверен что пермишены приложения распостраняются на вызовы из уровня JNI, в смысле на сишный или плюсовой код в либе
Распространяются, даже если приложение в priv-app. Единственно, если дать Рут, тогда может обойти ограничение на это. Клавиатура у меня не располагается даже в корневой папке, где, например, лежат пред установленные приложения, гугл сервисы и т.д.