Тебе сигнал в частнотной области нужно представить? Если исходный файл формата, который позволяет чанками декодить (по-моему, сейчас все такие), то берешь и делаешь преобразование Фурье прямо для этого чанка
Ток единственное, у исходного файла чанки могут быть переменной длины. Поэтому окна преобразования тогда либо тоже плавающими делать, либо метадату писать дополнительно, если потом сигнал нужно будет восстановить