Не совсем понял перехода от формата документов к ПДн, но, в принципе, отказ от массива документов позволяет и с безопасностью вопрос улучшить. Например если вместо поиска исполнителем папки в шкафу (или поиска *.doc в шаре), можно выдать ему конкретный набор данных для обработки. При этом исполнитель не сможет посмотреть «чужие» данные и будет знать, что где-то записано, с чем именно он работал.
Я думаю немного ушли от темы, тезисно я хотел сказать не каждый кто может поставить венду является компетентным человеком, так же и с word / excel. Возвращаясь к вопросу в чём работать, я всегда отталкивался от следующих вещей:
1. Это обеспечение потребности
2. Это юзабилити *(если в ms работает в 10х быстрее, а в lb работает намного медленнее) то будет ms
3. Это уже стоимость
Госорганы пусть работают на том, на чём прикажут, но у меня коллеги из отдела проектирования юзают visio 2010 года, так как оно может то, что не могут ни конкуренты, ни свежие версии. Ну и вполне устраивает песочница на jira / confluence. Еще один хороший пример, можно к примеру использовать glpi для helpdesk и я даже как то предложил руководству, давайте заменим 1с ITIL, на что мне сказали, мы имеем целый отдел 1Сников, они и клиентов ведут и нашу 1С сопровождают, да glpi бесплатен, но нам это не нужно.