Во всех современных версиях ОС, корневой сертификат ISRG Root X1 уже есть.
У Let’s Encrypt их два, один подписан ими, второй был подписан сторонним CA.
Оба сертификата при этом используют одну и ту же пару открытых и закрытых ключей.
То есть для клиентской ОС вообще нет разницы, истёк ли корневой сертификат стороннего CA или нет, если есть доверенный сертификат ISRG Root X1 в store.
Но сервера посылают в TLS handshake цепочку сертификатов с сертификатом ISRG Root X1, который был подписан истёкшим уже сертификатом стороннего CA.
Перевыпуск сертификата приведёт к их перенастройке и замене корневого сертификата в цепочке.