А зачем их через HDD передавать, эти самые ключи.
Diffie-Hellman при правильной реализации всё ещё позволяет создать общее ключевое пространство без возможности третьей стороне даже при перехвате что-то сделать с имеющимися данными.
А дальше уже зависит от протокола, что он будет делать. IPsec из DH и некоторых других составных частей генерирует новое ключевое пространство, а уже потом из него извлекает ключи с помощью PRF функции.
Нет проблемы в том, чтобы создать общий сессионный ключ так, чтобы никто не узнал его.