Общий ущерб, нанесённый Югославии, оценивается в 1 млрд долларов[141]. Сербские источники оценивают ущерб в 29,6 млрд долларов, наибольшую долю которого, 23,25 млрд, составил потерянный валовой внутренний продукт[142]. Публиковалась[кем?] также оценка — около 30 млрд[143].
Бомбардировки НАТО были нацелены в том числе и на уничтожение важных объектов гражданской инфраструктуры. Они повредили множество хозяйственных объектов. Ко 2 июня пострадало более 50 мостов, два нефтеперерабатывающих комбината, 57 % всех нефтехранилищ, 14 крупных промышленных объектов, 9 крупных узлов электроэнергетики[144]. Югославская сторона попыталась минимизировать потери. Например, 9 гражданских авиалайнеров югославской компании JAT были после начала бомбардировок эвакуированы в румынский Бухарест[145].
Во время бомбардировок были уничтожены или повреждены 89 фабрик и заводов, 128 других объектов индустрии и сферы услуг, 120 объектов энергетики, 14 аэродромов, 48 больниц и госпиталей, 118 радио- и ТВ-ретрансляторов, 82 моста, 61 дорожная развязка и туннель, 25 почт и телеграфов, 70 школ, 18 детских садов, 9 зданий университетских факультетов и 4 общежития, 35 церквей, 29 монастырей[146]. Всего на объекты промышленности и социальную инфраструктуру была произведена 1991 атака. В результате бомбардировок около 500 000 человек в Югославии остались без работы[147