Хм... по идее, в линуксе button.js и Button.js - это разные файлы и могут лежать в одной директории, винда же нечувствительна к регистру и такая фишка не работает... следовательно гит должен видеть rename, т.к. содержимое одинаково... но хз почему так у тебя...