а если убрать списочность из отдельных файлов и заюзать простой !include_dir_list ?
Видимо какой то глюк был. Многократно ребутал сервер, потом вообще закомментировал в конфиг.ямл строки с указанием на папку скриптов и автоматизаций, перезагрузил, раскомментил, снова перезагрузил и все ожило.