Если под сервером mqtt подразумевается брокер, то да, проблема. А если экземпляры ХА через mqtt - то никаких проблем, конечно
Любое количество mosquitto можно объединить в bridge, подозреваю, что с другими брокерами также. В рамках бриджа можно гибко управлять правилами распространения топиков между брокерами. У меня один стоит в дроплете и виден снаружи по SSL, другой дома без шифрования, чтобы тасмоты разные могли подключиться. Оба работают в режиме мост.
Added: кстати, такая схема позволяла мне долгое время обходиться серым IP, потому что тот брокер, что дома, инициирует сессию с тем, у которого честный IP, а потом уже топики ходят в обе стороны