вообще hdfs не хранит реплики на одной ноде, именно поэтому на кластере из 1-2 машин с RF=3 можно увидеть under-replicated blocks всегда
для EC тоже доп политики пришлось вводить, чтобы блоки из одного chunk не оказались на одной ноде
поэтому на вашем месте я бы лучше разобрался что за файлы пропали и при каких условиях