Установщик проверяет сперва соответствует ли система, а потом говорит что я должен сделать "вручную"
Смотря что, есть операции, которые нужно проверить сделать вручную в Ambari при установке или обновлении. Но установку пакетов и создание пользователей он должен взять на себя (в HDP так).