если кловер, то думаю что нужно примонтировать efi раздел жесткого диска, и efi раздел флешки с инсталлятором, перенести содержимое с EFI раздела жесткого на EFI раздел флешки, перезаписав . (Если надо флешку кудато забекапить предварительно). Таким образом перенесется конфигурация загрузчка с установленными кестами. Ну и все. Потом заведешь спокойно с нуля заново.
Я думаю что так.