В том и дело что исходник это аптайм в секундах... Зачем при его переводе учитывать часовой пояс х з. Откуда. Графана на сервере вместе с заббиксом. В системе пояс указан как +3, в пхп +3, в заббиксе время правильно на графиках и базаде.
В общем я попробовал в двух разных связках графана+заббикс - такой баг не воспроизводится.
Так что посмотрите, пожалуйста, действительно тот ли у вас часовой пояс стоит у самой графаны.
Вообще похоже просто на очередную кривую обработку времени)