Проблема в том что MongoDB является Реляционной NoSQL СУБД, и подлежит нормализации как и распространённые SQL’ные СУБД (mysql mssql postgre oracle etc).
Магии там нет, вот риски долгосрочной поддержки MongoDB класстера просто ужасны - в итоге будешь делать ровно то же что и для PostgreSQL’я… но с количеством реплик стремящимся к бесконечности. Я не думаю что тебе нужен будет этот ClusterFuck, про миграции и рефакторинг схемы история вообще умалчивает. У монги нет нормального инструментария для такого… под PostgreSQL я юзаю liquibase сейчас, ну такое, но лучше чем всё остальное.
Тебе ничего не мешает тот же JSONB хранить в материализованных представлениях в PostgreSQL’e и использовать контролируемую денормализацию…