Непосредственно сама математическая функция подписи действительно требует только приватный ключ. Но базе неё построено множество прикладных высокоуровневых криптографических алгоритмов, которыми пользуются люди. В частности алгоритм подписи s/mime, которые среди всего прочего включают в подписываемый текст информацию о сертификате выданном для публичного ключа, сгенерированного из приватного. И клиент потом при валидации подписи проверяет не только что подпись сделана правильным ключем, но и атрибуты сертификата. Так что это вполне себе можно назвать подпись с помощью сертификата и человеку явно нужна она. Я доступно изложил?