хибернейт это гибернитизация, все процессы просто дампаются на диск, а потом загружаются
проблема в том что процесс не будет учитывать время проведенное в таком состоянии(скорее всего, я не уверен, но такая проблема в общем-то есть)
Возможно крон и лучше, просто в данном случае не кажется, что это много функционала, ради которого нужно ставить готовую софтину. Но это очень спорный вопрос. Для неискушенного разраба точно проще взять и настроить готовый софт.
По поводу именно хибернейт если time.sleep реально аффектится, то могу предложить вариант чекать разницу времени, а не time.sleep, например. Это предположение, не могу гарантировать его правильность.