В докерфайле вы прописываете директивы для установки необходимого софта в контейнер (подтоговка окружения для работы вашего по),
В докеркомпозе или конфиге кубернетес прописываете конфигурацию сервиса для его запуска (энв переменные, маунт директорий).
Кроме весёлых аллегорий в стиле микроскопа и гвоздей конкретики что именно эти тулзы радикально разведет в разные стороны как-то не увидел