Можно попытаться вынести часть директорий в /var, написать другой костыль и назвать всё по-другому, но это будет всё та же мутабельность, от которой и бежали
И пока Red Hat будет развивать rpm-ostree, в Endless будут дрочить своё эталонное нинужно на голом OSTree, а GNOME будут тестировать свой гном на своём дистре, что нормально