В qgis такой конверт центров пикселей в точки есть

вот это повезло! спасибо! пойду попробую

что-то много точек)
Dimensions  X: 3536 Y: 6454 Bands: 4

Большие растры в R ?

Привет всем, Подскажите пожалуйста, как заставить R переварить большие растры ?

Размер растров около 38 млрд пикселей 4 канала, около 35 гигов каждый -  геотифы сжатые LZW сжатием.

Пробую так:

rasterOptions(tmpdir = "E:/R/tempdir")

rasterOptions(todisk = TRUE)

start_img_06 <- brick("TIF/chernihivska_16_global_monthly_2020_06_mosaic.tif")

plotRGB(start_img_06, r = 1, g = 2, b = 3, axes=TRUE, main="img_06")  

VARI_calc <- function(x) {
#      ((x[,2]-x[,1])/(x[,2]+x[,1]-x[,3])+1)*100
    ((x[,2] - x[,1])/(x[,2] + x[,1] - x[,3]) + 1)*100
}

system.time( VARI_06 <- calc(start_img_06, VARI_calc) )

plot(VARI_06,  main = "VARI_06",  axes = FALSE, box = FALSE)

img_06 <- stack(start_img_06[[1:3]]*10, VARI_06[[1]])

writeRaster(img_06, filename="img_06.tif", format = "GTiff", datatype='INT2S', overwrite=TRUE)

на plotRGB() еще хватает ресурсов, отображает результат.
Сыпется на строчке VARI_06 <- calc(start_img_06, VARI_calc),  думает, считает, во временную папку пишет большие файлы, но потом вылетает.

Вылетает как и из Rstudio  так и из Rgui

R-4.1.0
Windows 10 64-bit
RAM: 128 Gb
процесор i9 8 ядер 2.5 GHz

потом я хочу еще посчитать медиану между такими растрами поканально

raster_median <- overlay(img_06, img_07, img_08, img_09,  fun=median, na.rm = TRUE)

Такое даже на фрагменте данных считает долго, но с полными растрами пока даже начальные этапы пройти не получается.

Свободного места на диске Е 650 Гигов

На вырезанном небольшом фрагменте все работает даже без rasterOptions(todisk = TRUE)


Подскажите пожалуйста, как можно такие большие растры пересчитать ?

Первое, с чего я бы советовал начать - поиграть со значениями опций maxmemory и chunksize у rasterOptions. Возможно, что не все ваши 128 гигов оперативки используются

Во-вторых, после увеличения maxmemory можно отключить принудительный  todisk=TRUE, потому что запись на диск - это очень медленно. При этом если r всё-таки не будет хватать оперативки, он сам включит себе запись на диск.

Можно поинтересоваться,  а что за растры такие?  про что такие большие?

Откроет ли такой Шейп?

q gis да)) но очень долго и способ отрисовки напоминает струйный принтер

я еще умудрился туда айди запихать)

А для чего это?

балаюсь

Скачанные по TMS месячные RGB композиты  Planet

maxmemory не помогло, т.к. промежуточные растры получаются гигов по 250.

Помогло после добавления раста в переменную явно указал что растр переваривать поблочно и записывать каждый блок на диск.

canProcessInMemory(my_img) == FALSE

Долго, зато  переработало и не вылетело.  И нужно очень много дискового пространства свободного на диске где задан каталог для хранения временных файлов, т.к. они достигали размером 250 Гигов

а еще скажите пожалуйста

сделал Raster to points
получил shape с 620к точками

я правильно понимаю что по факту - точки это миниполигончики круглой формы?

Нет, не правильно

хм

точки состоят из одной пары или тройки координат