Без участия ФС ты ничего там не почистишь, если только утилита не знанет структуру ФС. trim(8) предназначена для полной очистки диска, например, если у тебя на диске была какая-то ФС и ты хочешь всё удалить и снова его использовать.
Реализация не зависит от того был трим с хоста или нет. Просто без трима с хоста у любой реализации будет минимум резерва (только физически заложенный, без пустого места ФС) и ей придётся копировать блоки в которых нет никаких данных с точки зрения ФС. В итоге больше писать, тормозить и изнашиваться.
всего диска - нет, это отдельные утилиты. фс не чистит диски целиком, разве что инициализация диска виндой, что тоже ось а не фс. А вообще фс это только структура, читает-пишет таки тоже ось )