Я, кстати, не уверен про fossil, Но всё, что «взлетело» логически хранит состояния дерева (даже если ради оптимизации применяет внутри дельты, как subversion). Здесь именно логически хранятся патчи. И есть строгая алгебра (в математическом смысле скорее это группа, как мне кажется, но надо читать статьи с доказательствами внимательнее) поверх них.