Клиентская часть FreeIPA, насколько знаю, вводит в домен FreeIPA, а не домен samba/windows, а между доменами Samba и FreeIPA возможны доверительные отношения, но от этого FreeIPA не становится клиентом для ввода в домен самбы
Мне казалось, что FreeIPA это «клей» и веб-интерфейс для samba, какого-то из kerberos, и вяких-разных утилит, своего домена он не имеет.