так pear, а не базовый php или они все пересобирают?
Никто ничего не пересобирает. Если в pear что-то изменилось то это с вероятностью злонамеренный код. У нас это поймается чексуммами. И пусть кто-то ещё скажет что можно пользоваться pip'ом со товарищи